S fotbalem začínal dvaadvacetiletý obránce Matěj Hanousek v pražských Řepích a přes Bohemians a Slavii Praha přestoupil do dalšího pražského klubu Dukly. Tam se propracoval až do prvního mužstva. Ligový debut prožil v utkání s Mladou Boleslaví v květnu 2013. V české nejvyšší soutěži si připsal zatím 44 startů, ve kterých nasbíral dvě gólové asistence.

Talentovaný obránce Matěj Hanousek má za sebou tři starty v reprezentaci do 20 let. V „jednadvacítce“ se poprvé objevil v dubnu 2013, když v přátelském utkání se Slovenskem odehrál téměř hodinu času, a pomohl tak národnímu týmu k výhře 1:0. Svůj premiérový gól v dresu lvíčat vstřelil v Praze v březnu 2014 do sítě Norska. Levý obránce si vybojoval místo i v sestavě na domácím ME. Nyní se upsal Jablonci do 30. 6. 2019, kde bude bojovat o nejvyšší ligové příčky.